İç Ses - 22

Bir saat altmış dakika.

Bir gün yirmi dört saat.

Bir hafta yedi gün.

Basit bir hesapla bir haftanın kaç gün, kaç saat, kaç dakika hepsini hesaplayabiliriz.  Ama işte bütün marazlar hesaplayamadıklarımızdan doğuyor. Aklın ikna olmadığı, ruhun tamamlayamadığı her eksiği renge, notaya, görüntüye, kelimeye dökmeye çalışmamız bundan. Hayatın hızına yetişmek için içindeki binlerce rakamla bize yardımcı olan aletlerimizin acının hızına yetişememesinden hala yazmaya, çizmeye, söylemeye ihtiyacımız olması.   Mutsuzluğun  bile hafif kaldığı  bir çağ düştü bizim kısmetimize.

Mutsuzluk acıya döneli çok oldu.

Kapkara, keskin bir acı …

Üstelik acı karşısında uyuştuk, bir başkasının bütün ömrüne yetecek derinlikte acılardan geçiyoruz her gün.

 Umut ederek uyanılan bir sabah mesela, bazen daha ilk anından bazen tam ortasında kapkara bir haberin ağırlığıyla eziliyor. Umut etmeye ne hal kalıyor,ne umuda güzellemeler yapılacak takat.

 Bir hafta daha bitti.Yedi ayrı gün, yedi ayrı  ruh, tek bir beden.

 Bir haftanın içine yedi gün, yüz altmış sekiz saat sığdı.

 Bir hafta daha bitti işte.

 Hesaplanabilir tarafının bir çırpıda yazıldığı, ama işte asıl meselenin rakamlarla açıklayamadığımız yanında kaldığı yedi gün.

Bizim Hikayemiz # 3 #

 Karmakarışık

 Hüsniye ile her gün iş çıkışı görüşmeye başladık oda   bize yakın bir yerde hukuk bürosunda sekreter olarak çalışıyor, babası ve annesi çok tatlı insanlar  buda ona yansımış neşeli sevimli bir ara yalnız yaşamayı denemiş beceremeyip geri dönmüş  ailesinin yanına, aslında  Orhan'la rahat vakit geçirmek içinmiş bütün amaç , tabi Orhan onu   terkedince hayalleri  hayalden öteye geçememiş .

 Orhan onu  hiç biri sebebi yokken   terketmiş , tıpkı ben gibi oda evlilik hayalleri kuruyormuş tüm parasını çeyize yatırıyormuş iki yıldır  erkek arkadaşı ne dediyse   vahiy inmiş gibi dinlemiş sevmiş çok sevmiş ama adam onu sevmemiş anlaşılan...

 Kader arkadaşı olmuştuk birden ,  sık sık görüşüyor dertleşiyor    bizi terk eden sevgililerimize  barışmaları için attığımız mesajları aramalarımız gösterip  dertleşiyorduk. Günler günleri kovaladı ve üç ay geçti ne benim aşkım ne onun aşkı geri dönmek bilmiyordu üstüne üstelik ben savcılığa verildim hemde  biricik aşkım tarafından sebebi de neymiş rahatsız ediyormuşum, can güvenliğinden  endişe ediyormuş!

 Ben ona tapıyorum nasıl zarar verebilirim ki...

 Neymiş gündeyüz mesajmı atılırmış ,içinde tehditler varmış abartıı...

  Bir akşam iş dönüşü  her zaman rutin oynadığım sayısalıma bakınca  gözlerime inanamadım, şansım geri dönmüştü   sayısal kuponum tutmuştu. Soluğu Hüsniyenin  kapısında aldım, arabamdan inmeden   mesaj attım  saniyeler içinde aşağı indi ve biz dün  iki yabancıyken şimdi sarılıyorduk. Kısa bir şaşkınlıktan sonra ,hadi yemeğe gidiyoruz diyerek  arabamı çalıştırdım.  Hüsniye gülmeye başladı  ,'' böyle mi gidiyoruz ? üzerime bak polar pijama örgülü saç ponponlu pembe hırka, evettt böyle biz zenginiz   vintage  , vintage yürü hadii ...

 Vintage zenginlerin uydurması sanıyordum deyip gülümseyerek  annesini aradı  , annesi anında cama çıkıp bana   sert ama  gülümseyerek  geç kalmayın  , dedi   tabi  pijamalarla  gitmemesi için ikna etmeye çalıştığı süre gidip değişseydi daha az zaman kaybımız olurdu . 

Şehrin en lüks lokantasında Hüsniye ve ben yemek yiyorduk üstelik   Hüsniye çok tatlı ve doğaldı çevredekilerin tuhaf bakışlarını umursamıyorduk bir süre sonra kimse umursamadı zaten .

 Pijamalı kedi diye dalga geçmeye başladığımda yanakları pespembe kesilmişti .Yemekte uzun ,uzun sohbet ettik bu para ikimizin dedim şaşırdı  ''neden ki '' dedi ,  nedenini bilmiyorum senden başka kimsem yok belki ondandır , gülümsedi .

Ben kendi payım için planlarımı anlattım  ,gülümsemeyi , kahkahaya bıraktı .  İcra ve dost'a kefil olup mağdur olan tüm mahkumları en azından paramın yettiğini çıkarıp  onlarla  bir şirket kuracağımı  söyledim çok şaşırdı . tamam o zamana bende kendi payımla Orhan ve Deryayı kaçırıp bizi sevmelerini sağlayacağım ! bir an panik oldum bu bir suç Hüsniye ve sen  melek gibi bir kızsın bunu yapamayız, evet yaparız dedi ..

Doğu ve Karadeniz 2

   Eveeettt en son Erzurum'u hak etmiş, Kars yollarına düşmüştük. 

  Efendim Kars bildiğiniz doğu şehirlerine pek benzemiyor. Vakti zamanında Ruslar şehre dadandığından evler, binalar o kültürün mimarisini taşıyor. 

  Arkadaşlar pek sevmese de ben sevdim. Evet biraz sert ve soğuk görünebilir ama en azından bir tarzı var. Kararmış, oymalı yapılar... 

 Hava da yağmurlu olunca Piyanist filminin setine dönmüştü bizim Kars. 

  Her yer peynirci herrr yer! Benim gibi peynire aşık olanlar mutlaka gitmeli. Sülalelik koca bir teker kaşar aldık. Gravyer peynirini de ilk kez orda tattım (Pek sevmedim gerçi). 

  Tabi meşhur piti yemeği var. Nohutlu, zerdeçallı, koyun etli, içine lavaş doğranıp yenen bir yemek. Çok beğendim. (Diğerleri bunu da beğenmedi, arkadaşların nüfusu Paris'e kayıtlı da). 

⭐⭐⭐

 Bir gece konaklama, sonra ver elini Ardahan. Küçük bir şehir. Hiç arabadan inmeden dolaşıp bitirdik Ardahan'ı. 

⭐⭐⭐

   Artvin'e doğru yola koyulduk. Dağları aştık desem yeridir. Yüksek yerlerde mayıs ayında -3 dereceyi, karı, fırtınayı gördük. Korkutucu ama güzeldi.

   En ücra köşelerde bile bir hayat kurmuş insanlar, tefekkürlük... Artvin'e girerken madenler karşılıyor sizi. 

 Yüksekçe bir yerden gittikçe alçalan yollarla şehre vardık ve Karadeniz fıkrası karşıladı bizi. Kaleler şehrin tepesinde olur ya hani. Artvin'de şehir tepede kale aşağıda. Ay çok güldüm! 

Çarşıya resmen yokuşlardan çıkıyorsunuz. 

Artvin dönüşü alabalık tesisi ve gürül gürül deresi olan Borçka'da mola.

⭐⭐⭐

    Rize'ye doğru yola koyuluyoruz şimdi de. İkinci gidişimdi.

   Yamaçlarda sıralı çay tarlaları, kalesinde Turkish coffee keyfi, shopping time of kavurma, pide molası ve çookkk lezzetli fındıklı, kadayıflı Turbo tatlısı. (Ya o güzelim şeye niye bu adı verdiniz be gülüm)

  Evet kabul ediyorum biraz şehir turu, biraz boğaz turu oldu bizimki. 

   Meşhur Ayder Yaylası'na gitmek bu sefer nasipmiş.

 Büyük değil ama çamların, yeşillerin bağrındasınız. Ferahlık, freshlik, serinlik, temizlik... Ne ararsanız! 

⭐⭐⭐

   Trabzon ise birkaçıncı gidişim olan dolu dolu bir şehir. 

  Önceki gidişlerimden hatıra olan Sultan Murat yayla gezisi var. 

 Siz hiç bulutların üstüne çıktınız mı? Uçakla değil, canlı canlı, rüzgarı yüzünüzde hissederek? İnanılmaz bir tecrübe! Bakın... 

  Uzun Göl elbette ki özel bir yer ancak etrafını betonla çevirdikleri ve otelle doldurdukları için, tablolardaki o eski doğal halini bulamadım. 

  Sümela Manastırı da mutlaka görülmesi gereken yerlerden. Nasıl mistik bir havası var öyle! 

   Ben toprak, çamur, rutubet kokularını çok severim. (Kulağa absürd geldiğini biliyorum ama öyle, arada ıslak toprak yemişliğim de var. Kokusu tadından daha güzel. Neyse. Kınama bak başına gelir).

   Bu rutubetlik, vıcıklık içinde mutlu mesut manastıra tırmandım. Harika görüntüler eşliğinde.

   Aşk ile buyrun.

  

  Önceki gidişimden bildiğim için bu defa manastırın içine girmedim. Ama yolculuğu da pek güzel idi. 

   Hani demiştim ya biraz boğaz turu diye. Bu sefer Hamsiköy'ün meşhur sütlacını tatmak için yola düştük. 

   Değdi mi? Değmez mi anacım değmez mi! Güveçte, üstü bol kavrulmuş fındıklı, tam kıvamında sütlaç... (Ay ben bir su içeyim fena oldum).

   Dönüş yolunda Akçaabat köftesi molası. Evet bu da çok güzel ama benim favorim hâlâ Bursa civarındaki meşhur Köfteci Cozef! 

Kaldı 4 şehir...

Devamı gelecek inşallah.

⭐⭐⭐

  Bu arada ecnebi takipçiler için sağ üste Google translate koydum ama çeviri yapınca cümlenin başı sonu ayrı telden çalıyor. Yani pek güvenmeyin derim. (Lakin Azerice çeviriye çok güldüm) 

   Blogu anlamak için en garanti yol Türkçe öğrenin. Olmadı bir Türk arkadaş bulun o anlatsın.

 Yeter ki mahrum kalmayın, üzülürüm sonra. 

Burada hepimize yer var azizim ♥

⭐⭐⭐

Running and neurogenesis; the plastic brain

A new paper online in the Journal of Physiology ("Physical exercise increases adult hippocampal neurogenesis in male rats provided it is aerobic and sustained," Nokia et al.), and described here by the NYT, reports that running is good for the brain.  At least the rat brain.

From the paper (emphasis mine):

Adult hippocampal neurogenesis (AHN) is a continuous process through which cells proliferate in the subgranular zone of the dentate gyrus, mature into granule cells, and ultimately become incorporated into hippocampal neuronal networks. In rodents, adult-born hippocampal neurons seem crucial for a variety of adaptive behaviors such as learning, pattern separation, and responses to stress. Aerobic exercise, e.g. running, increases AHN and improves cognitive performance in both male and female adult rodents. The increase in AHN in response to running is reported to be in part due to an increase in the number of surviving neuronal precursor cells (type 2) rather than to the shortening of the cell cycle. There are also studies indicating that running increases the survival and incorporation of newly divided hippocampal cells, born days before commencing training, to increase net neurogenesis. [See the paper for citations for reported findings, which I've removed here for length.]

It has already been well-established that aerobic exercise is associated with an increase in adult hipocampal neurogenesis, the number of neurons in the hippocampus, the region of the brain associated with producing long-term memory among other functions.  But, Nokia et al. wondered if it was only aerobic exercise, or whether other kinds of exercise have the same effect.

So they compared the number of neuronal cells of mice subjected to high-intensity interval training, resistance training and distance running.  They found no increase in the rats who did resistance training compared to sedentary rats, and a smaller than expected increase in rats that did the interval training.  It was only in the brains of the rats who did aerobic exercise that neurogenesis was significantly increased.  The authors hypothesize that this is because running stimulates the production of  brain-derived neurotrophic factor and insulin-like growth factor, which are associated with neurogenesis. The more aerobic exercise the animal does, the more of these the animal produces, and thus the more neurons.

Currently the best advice for preventing dementia in old age is to maintain a social life, quit smoking, and exercise.  And, if this rat study can be applied to humans, this should at least qualify that as aerobic exercise; running or biking, say.  As with all such lifestyle advice, this surely won't work for everyone, but the evidence is increasingly in its favor, at least on a population basis.

But there are deeper implications of this work, I think.  If exercise changes the architecture of the brain in ways that can affect learning, even in adults, and, as has been repeatedly demonstrated, stimulating children by reading to them, using lots of words, playing music to them, and so on, or the reverse, growing up in poverty,  or with disease, or amid famine all can affect brain architecture and thus cognitive ability for better or for worse, why do so many continue to privilege genes and genes alone -- or even more, a single gene -- for the creation of intelligence?

Source: "Effects on brain development leading to cognitive impairment:  A worldwide epidemic," Olness,
Journal of Developmental & Behavioral Pediatrics:
April 2003 - Volume 24 - Issue 2 - pp 120-130

It seems that the brain responds to experience at all ages, but it's possible that there's a 'sensitive period' for cognition.  As just one example, the cognitive abilities of children reared in institutions in Bucharest were compared to that of children never placed in an institution to those whose lives began there but who moved to foster care before age two.  Those who were reared entirely in institutions had much lower cognitive ability than the other two groups; the cognitive abilities of those who were moved to foster care before age two significantly improved.  The authors of this study suggest that there may be a sensitive period for developing cognitive ability, just as there is one for learning language, and many other aspects of brain function.

Of course, as with any trait, genes play a crucial role in the development of the brain.  But they don't do it alone.  E.g., a 2010 paper in Child Development describes the genetic underpinnings of the developing brain, but its plasticity as well.

The foundations of brain architecture are established early in life through a continuous series of dynamic interactions between genetic influences and environmental conditions and experiences (Friederici, 2006; Grossman, 2003; Hensch, 2005; Horn, 2004; Katz & Shatz, 1996; Majdan & Shatz, 2006; Singer, 1995). There is increasing evidence that environmental factors play a crucial role in coordinating the timing and pattern of gene expression, which in turn determines initial brain architecture. Because specific experiences potentiate or inhibit neural connectivity at key developmental stages, these time points are referred to as sensitive periods (Hess, 1973; Knudsen, 2004). Each one of our perceptual, cognitive, and emotional capabilities is built upon the scaffolding provided by early life experiences. Examples can be found in both the visual and auditory systems, where the foundation for later cognitive architecture is laid down during sensitive periods for basic neural circuitry.  

Genetic determinists might acknowledge the plasticity of the brain but then say that how the brain responds to experience is what's genetically determined, and thus that there are children who just aren't genetically equipped to be the next Einstein, or even to learn calculus.  We know this is true at least at one extreme of the distribution of intelligence, because there are many alleles known to be associated with low cognitive ability.  These usually cause syndromic conditions, however, so aren't related only to how quickly synapses are crossed, or memories made, or whatever it is that underlies -- or defines -- intelligence.  As with many other trait distributions, what happens at the extremes doesn't necessarily represent what's going on in the middle, so I think the jury is still out as to the overriding importance of single or even a small number of alleles in the development of normal or above normal intelligence (again, whatever that is -- for the moment, let's call it the ability to score well on IQ tests).  And indeed no genes with large effects on intelligence have yet been identified, despite decades of looking.  That has so far included comparison of the tails of the distribution among individuals without a clear-cut pathology.

So, of course there are genes involved in how quickly people think, or make connections between ideas, or memorize, or invent things, or remember -- how people learn.  But it's not either mainly genes or environment.  It's both, interacting, and molding the reactive brain.  There is enough evidence now to show that the brain is a hungry organ, soaking up and responding to experience at all times, throughout life.  Whether or not we believe that society should be investing in optimizing the environment of every child to maximize their potential is a social and political decision, not a scientific one.

YETER ARTIK

 Ben şimdi size bir şey anlatacağım elimde olsa kapı kapı gezerek gözlerinin içine bakarak anlatmayı isterdim ama şimdilik sadece yazarak anlatmaya çalışacağım.

 Ben sapık olmayan erkeklerin olduğu, kadın ağırlıklı bir çevrede büyüdüm. Yani geldiğim etnik kökendeki sosyal yaşamın da olumlu etkisiyle çocukLuğumda ‘’aman erkek, sana zara verebilir, kaç ve hemen uzaklaş’’ gibi uyarılar da olmadı hiç. Erkekleri diğer insanlardan ayırmadım sanırım . Ayırdıysam da bu bacaklarının arasında taşıdıkları ve onları tuhaf yaratıklara dönüştüren organları sebebiyle olmadı.  

 Ama tabi ki ne zaman ne de benim gelişimim yerinde durmadı. Küçük kız çocuğu yerini yavaş yavaş genç bir kadına bıraktı. Cinsel kimliğim ile birlikte farkındalığım da gelişmeye başladı. Sokakta, okulda, evde sürekli kadın başına gelebilecek tehlikeler konuşulduğunu fark ettim. Başımıza gelebilecek her felaket illa ki biz kadın olduğumuz için gelecekti. Sokaktaki it kopuk pipileri olduğu için bize saldırmaya her an hazır tuhaf yaratıklardı.

Uyarılarında haksız sayılmazlardı gerçi, sadece kadın olduğum için her an saldırılarına maruz kalıyordum. Yolda arabasının camından kafasını uzatıp çoğu zaman anlamadığım şeyler söylüyorlar, kaldırımlarda kalabalık erkek grupları gözleriyle ve sözleriyle taciz ediyorlar, metrobüste, otobüste hemen hemen her gün tacize uğruyordum. -Bütün kadınların anlayacağı bir şey anlattığım, metrobüsten indiğinde kalabalık sebebiyle olduğunu düşünüp diğer ihtimali hızla zihninden uzaklaştırırsın. Ve hızla kendini güvende hissettiğin o yer neresiyse oraya gidersin. -

   Ve ortak kadınlık hali ve kadınlığa dair kaygılar bana da bulaşmıştı.

   Güvenlik çemberinin daraldığını hissetmek bir taraftan büyük bir içsel baskıya sebep olurken, diğer yanıyla da içgüdülerim o güvenlik çemberinin dışına çıkmanın bedellerini sezip gizli bir kaygıya düşüyordu.

    Çember hızla daralıyor, neredeyse bizi içerisinde boğacak kadar küçülüyordu.

    Her yeni vahşet haberinde biraz daha yaşamsız kalıyorduk.

    Sayısı giderek azalsa da en azından ‘’orada’’ güvendeyim dediğimiz birkaç sığınak vardı.

   Bir zamanlar vardı.

   Artık o da yok .

   Güvende olabileceğimiz hiçbir yer yok.  

    

Şimdi ben de soruyorum  ,

  Hayatta en güvende hissettiğin yerde bile güvende değilsen?

  Evinde tecavüze uğrayıp öldürülüyorsan, okulda öğretmeninin tecavüzüne uğruyorsan, sevgilin ya da kocan sana tecavüz ediyorsa, ailendeki erkeklerin tecavüzüne uğruyorsan ve kocaman bir ülkede artık güvende olduğun hiçbir yer kalmamışsa ne yaparsın?

Ne yaparsınız ?

 18 yaşındaki o kızın da adını diğerlerinin arasına yazdırdınız.

  Nasıl insanlarsınız, hangi ideoloji, hangi din , hangi iktidar aklar sizi ?

  Vicdanınız, aklınız, ahlakınız yerini ne ara penisinize bıraktı ?

  Ahlaksızlığınız değil de mağdur konuşuluyor ya her defasında artık yeter.

  Bacak aranızda taşıdığınız organ sizi dünyanın sahibi yapmıyor, insan yapmıyor.

  Sokakta yürüdü, kahkaha attı, hayatı savundu, şarkı söyledi zaten bedenini satıyordu… gibi sonucu değiştirmeyen ve konuyla alakası olmayan bahanelerinizden midemiz bulanıyor.

Siz nasıl nefes alabiliyorsunuz, üstünüzü başınızı düzeltip nasıl yolunuza devam edebiliyorsunuz?

  Fazla oldunuz, çok fazla oldunuz.

Dünya sizin penisin etrafında dönmüyor, dönmeyecek. Bizi yaşamaktan tecrit edemeyeceksiniz.

   

Sizin sapkınlıklarınız sebebiyle güvensizleşen sokaklardan ve dolayısıyla yaşamdan el çekmesi beklenen bir takım kadınlar ve inatla yaşayacağım diye el ele tutuşup birbirinden güç alan yine o aynı kadınlar size insanlığınızı hatırlatmaya çalışıyoruz. İnsanlığınızı ele geçiren ahlaksızlığınızdan kurtulun artık diyoruz.

Ya kurtulun bu ahlaksızlığından insan olmayı deneyin ya da çekin s..nizi yolumuzdan.

YETER ARTIK ..

    

Yaşlı Kırık , bir adam

Yaş(lı) kır(ı)k , bir adam...

Derin bir of çekerek atıyorum kendimi yollara, ayakkabılarıma hızlıdan düşen yağmur taneleri değil gözyaşlarım, off leke yapar mı ki, çıkarıyorum kırışık ceketimden bir sigara çakmağımda yok  , bakıyorum telaşlı etrafıma martılar bile yok.

uyumuşlar mı ne!
Yürüyorum ağır ağır iskelenin kenarında olduğum yere çöküyorum , sarkıtıyorum ayaklarımı, suya değmek üzere ayakkabılarımı yanıma koymuşum bir şarkı geliyor dilime'' kim derdi ki birtanem bir gün ayrılacağız'' ofss bak yine aklıma sigaram geldi nasılda evde unuttum!

Ne olur şimdi birileri geçse arkamdan. mümkünse sigara içen birileri... Oysa yalnızlığı ne kadarda çok severim...

Demek ki her zaman yalnızlıkta iyi değilmiş ,uzanıveriyorum olduğum yere gözlerimi dikiyorum gökyüzüne , sırtım acıyor biraz. Küçük bir taş parçası batıyor haince sırtıma hiç kalkmadan sağ elimle çekiveriyorum taşı bakışıyoruz , ne kadar küçüksün ama çok canımı yaktın diyorum.

Bakıyor taş gibi ,ee taş nede olsa.Gökyüzü kapkara hafiften griye dönmeye başlıyor saatler oldu aynı yerdeyim aslında yıllardır aynı yerdeyim neyse...
Ahh ne kadarda boş yaşamışım diyorum dolu olsaydı ellerim yüreğimde dolu olurdu...
Yaş kırk elde var sıfır yine elim cebimde aranıyorum ah çakmak eve giderken bir kutu alacağım diyorum ,alsam ne olur ki yine unuturum.
Kızım geliyor aklıma ne yapıyor şimdi acaba ne yapacak bu saate uyur ne çabuk büyüdü daha dün değilmiydi , şu sahilde peşinden koşturduğum '' şş yavaş ol bakalım suya düşersen balıklar yer seni'' bir kahkaha patlatırdı ''aman babişşş'' ah be güzelim çok özledim bak şimdi , yada hep özlüyorum da şimdi içime oturdu.

Çok özlüyorum! yavaşça kalkıyorum uzandığım yerden.

Havada kırmızı gri bir renk almış uzaktan halk otobüslerinin sesleri geliyor.
Nerede benim kıymetli ayakkabılarım onları kızım aldı çok titizim ya hemen ceketimin yeniyle siliveriyorum üstlerini ,geçirdiğim gibi ayağıma bir çorbacıda çoktan alıverdim soluğu.

Gülümseyerek bakıyor çorbacı bana bıyık altı gülüyor sanki içinden demiştir kesin'' ya geceden kalma ya evden atılan bir müşteri daha'' hiçte değil koca göbek ben özgürüm diyorum içimden aynı şekil bıyık altı gülümsemeyle.

''Ne içersiniz'' diyor ''sigara'' diyorum bakıyor şaşkın şaşkın ''tamam be adam çorba içeceğim merak etme'' diyorum , ''ama bana birde çakmak getiriver hadi ağam bir zahmet''
Beş dakika oluyor ben söyleyeli eski bir çakmak yanar mı yanmaz mı belli değil yanında mis gibi kokan bir çorba.

Ne olurdu bu çorbayı yapan sen olsaydın !diyorum gözyaşlarım yine akıyor çorbama katık oluyor ...
Çorbacıdan çoktan çıkmışım sigaramı da içmişim artık hatıralar konağına geri dönüyorum uyku vakti.

Kapımı kilitlememe gerek yok usulca itiyorum kapımı gacırtt diye acılıyor kapı  , konak demiştim ya damı akıyor hem de tam yatağıma zaten  , ya göz yaşlarım yada yağan yağmur illa ıslatır yatağımı.

Uzanıveriyorum yatağıma bir sigara daha yakıyorum çorbacıdan kayırdığım çakmakla ellerimi kavuşturuyorum göğsümde sigaramı sıkı sıkı tutuyorum iki parmağımın arasında göğsüm acıyor derinden nefes alıyorum uykum mu var ne!

Gözbebeklerim küçülüyor, söndürmüş müydüm sigaramı bir duman mı var odada yorgun bedenim kaldıramam hiç başımı nedense ağırlık bastı zaten , öğlene doğru gelir kızım nasılsa diyorum... Artık zorlanıyormuyum  ne nefes almakta bir bırakamadım şu sigarayı ''bir gün ecelin olacak'' derler di hep ve uyuyorum...

 Not: yıllar önce yazdığım  bir hikaye  istek üzerine  tekrar  yayınlıyayım dedim ve  nette o kadar çok almışlar ki bu yazıyı   takdir ettim kendimi , ne kadarda çok beğenilmişim  nezaketen insan bloğun adını yazar  diyecektim ki malesef kendileri yazmış gibi göstermişler  , sağlık olsun:) sevgilerimle.

Kitap: Puslu Kıtalar Atlası

 Öncelikle sabah okuyup da ara verdiğimizin akşamında önceki bölümü unutacağımız, kim neydi, neler vuku bulmuş idi diyerekten geri dönüp bakmak zorunda kalacağımız bir kitapla karşı karşıyayız. 

  İhsan Oktay Anar'ın henüz iki kitabını okumuş olsam da çok sevdim bu sıradışı tarzını. (Diğer kitabı Efrasiyab'ın Hikayeleri idi. O daha bir absürd). 

 Edebiyatta farklı üsluplara açığım ve oldukça da keyif alıyorum. 

 Geçenlerde Murat Menteş'in Dublörün Dilemması'nı okumuştum. (Onun da ilginç bir anlatımı var ama ben övüldüğü kadar beğenmedim).

   Gerçi  kitapta bir söz çok hoşuma gitmişti, paylaşayım. 

⭐ İnananlar için her çağda bir Nuh'un gemisi vardır.

⭐⭐⭐

  Gelelim asıl konuya. Yazarın ilk kitabı Puslu Kıtalar Atlası. Arka kapak yazısından da anlaşılacağı gibi, Bünyamin'in yaşadığı her şey, hatta bu dünya bile bir düştür ve bu düşün maceraları önceden Puslu Kıtalar Atlası'nda yazılmıştır. 

  Dünyayı rüyalarla keşfetmeye çalışan Uzun İhsan Efendi'nin kendi yazdığı Dünya Atlası'nı oğlu Bünyamin'e emanet ederek atıldığı maceralarda yolunu kaybedecek olursa bu düş atlasından yardım almasını söylemesiyle karmaşık olaylar zinciri başlıyor. 

    Olaylar Konstantiniyye'nin sokaklarında, mahzenlerinde, kalelerinde, geçiyor. 

 Bünyamin'in, Uzun İhsan Efendi'nin, Hınzıryedi'nin, Ebrehe'nin arkasından siz de nefes nefese koşturuyor ve esrarlı olayları çözmeye çalışıyorsunuz. 

  Bu arada pek çok da yeni kelime öğreniyorsunuz. Zosimos, zincifre, sülyen, mürdesenk, tizap, zaç yağı, kolomborne, zolota, flok, mapamundi... 

 Yazarın terimlere ve eski dile hakimiyetine, halk ağzını yansıtmasına hayran kaldım. Ama baştan söyledim biraz absürd bir kitap bu. 

Misal:

   Hınzıryedi adlı dilencinin dilinden dua ve beddua: 

  ... Hayır sahipleri ona fels, mangır, akçe ve altınlarını vermek için adeta yarışırken, o da, "Ayağına Kâbe sevabı yazılsın, Allah yavuz dilden kem nazardan saklasın, Hakk Teâlâ yavuz, yüzsüz, utanmaz avrat kazasından saklasın, yolun Hicaz olsun, el kazana sen yiyesin, mutluluk yağmuru altında kaftansız kalasın, Allah seni karı şerrinden azat eylesin, üç otuz on yaşın dolsun." diye dualarını sıralıyordu.

 ... Kendisine yapılan bu şaka onun ekmeğiyle oynamaktı. O kadar kızdı, o kadar kızdı ki, korkuyla bakan Konstantiniyye dilencilerine, "Ömrünüz âh edip vâh işitmekle geçsin, burnunuzun sümüğüne bereket olsun, mekanınızda baykuşlar banlasın, gömleğiniz alev olsun, her paçanız bir kurdun ağzında kalsın, Allah size uyuz versin de kaşınacak tırnak vermesin..." diye ezberindeki duaları okumaya başladı. 

 Kitapta olaylar iç içe ve gizemli olduğundan dikkatli okumak gerekiyor. (Ciddi bir beyin jimnastiği). Dolayısıyla olaylar arasındaki bağlantıyı çözdükçe hayret ve hayranlığınız da artıyor. 

⭐⭐⭐

Eğer derseniz ki,

pek kıymetli blog sahibi hanımefendi, kitabı bir cümle ile özetleseniz de merakımız daha da celb olunsa, esere dair bir iki husus fehmeylesek... 

Derim ki: Bu kitap, düşünüyorum o halde varım anlayışının tersine, her şey ben düşündüğüm için var anlayışına bir yolculuk.

Hadi durma azizim, 

biraz kafamız karışsın..!

⭐⭐⭐

Somatic mutation beyond neurological traits. Part IV: the big mistake in genetics

The previous posts in this series were about the potential relevance of somatic mutation to neurologically relevant traits.  I commented about ideas I've long had about the possible genetic etiology of epilepsies, but then about the more general relevance of somatic mutation for behavior and other less clinical traits, indeed, to positively beneficial traits.  But the issues go much farther!

Fundamental units as the basis of science
Every science has fundamental units at the bottom of their causal scale, whose existence and properties can be assumed and tested, but below which we cannot go.  The science is about the behavior or consequences of these units and their interactions.  The fundamental unit's nature and existence per se are simply assumed.  Physicists generally don't ask what is inside a photon or electron or neutron (or they say that these 'particles' are really 'waves').   In that sense, fundamental 'causes' are also defined but not internally probed.  They don't really attempt to define 'force' except empirically or, for that matter, 'curved space-time'. You simply don't go there!  Or, more precisely, if and when you venture into the innards of fundamental units, you do that by defining other even more fundamental units.  When string theory tries to delve into unreal dimensions, they leave most other physicists, certainly the day-to-day ones behind.  Generally, I think, physicists are usually more clear about this than biologists.  The same in mathematics: we have fundamental axioms and the like that are accepted, not proven or tested.

Why is somatic mutation considered to be some sort of side-show in genetics?
What are biology's fundamental units?  For historical reasons, evolutionary biology, which became much of the conceptual and theoretical foundation for biology, was about organisms.  Before the molecular age, we simply didn't have the technology to think of organisms in the more detailed way we do now, but thought of them instead as a kind of unit in and of themselves.

Thus, the origins of ecology and phylogeny (before as well as after Darwin) were about whole organisms.   Of course, it was long known that plants had leaves and animals had organs, and these and their structures and behavior (and pathologies) were studied in a way that was known to involve dissecting the system from its normal context. That is, organs were just integral parts of otherwise fundamental units.  This was true even after microscopes were developed, Virchow and others had established the cell theory of life.  Even after Pasteur and others began studying bacteria in detail, the bacterium itself was a fundamental unit.

Eukaryotic cell; figure from The Mermaid's Tale, Weiss and Buchanan, 2009

But this was a major mistake.  Dissecting organs to understand them did, when considered properly, allow the identification of digestion, circulation, muscle contraction, and the like.  But the focus then, and still today in the genetic age, on the whole organism as a basically fundamental unit has had some unfortunate consequences.  We know that genes in some senses 'cause' biological traits, but we treat an organism as a fundamental unit with a genotype, and that is where much trouble lies.

The cell theory made it obvious that you and I are not not just an indivisible fundamental unit, with a genotype as its fundamental characteristic.  Theories of organisms, embryology, and evolution largely rest on that assumption, but it is a mistake, and somatic mutation is a major reason why.

The cell theory, or cell fact, really, makes it clear that you and I are clearly not indivisible causal units with a genotype.  We know beyond dispute that cell division typically involves at least some DNA replication errors--'errors', that is, if you think life's purpose is to replicate faithfully.  That itself is a bit strange, because life is an evolutionary phenomenon that is fundamentally about variation.  Perhaps like most things in the physical world, the important issues have to do with the amount of variation.

Mitotic spindle during cell division; from Wikipedia, Public Domain

The number of cell-divisions from conception through adulthood in humans is huge.  It is comparable to the number of generations in a species, or even a species' lifespan.  Modern humans have been around for, say, 100,000 generations (2 million years), far fewer than the number of cell divisions in a lifetime.  In addition, the number of cells in a human body at any given time is in the many billions, and many or even most cells continue to renew throughout life.  This is comparable to the species size of many organisms.  The point is that the amount of somatically generated variation among cells in any given individual is comparable to the amount of germline variation in a species or even a species' history.  And I have not included the ecological diversity of each individual organism, including the bacteria and viruses and other small organisms on, in, and through a larger organism.

By assuming that somatic mutational variation doesn't exist or is trivially unimportant--that is, by assuming that a whole organism is the fundamental unit of life, we are entirely ignoring this rich, variable, dynamic ecology.  Somatic mutation is hard to study.  There are many ways that a body can detect and rid itself of 'mutant' cells--that is, that differ from the parent cell at their bodily time and place.  But to treat each person as if s/he has 'the' genotype of his/her initial zygote is a rash assumption or, perhaps a bit more charitably, a convenient approximation.

Oversimplification, deeper and deeper
In the same way that we can understand the moon's orbit around the earth by ignoring the innards of both bodies, so long as we don't care about small orbital details, we can understand an organism's life and relations to others including its kin, by ignoring the internal dynamics that life is actually mainly about.  But much of what the whole organism is or does is determined by the aggregate of its nature and the distribution of its genotypes over its large collections of cells.  We have been indulging in avoiding inconvenient facts for several decades now.  Before any real reason to think or know much about somatic mutation (except, for example, rearrangements in adaptive the immune system), the grossness of approximation was at least more excusable.  But those days should be gone.

Geneomewide mapping is one example, of course.  It can find those things which, when inherited in the germline and hence present in all other cells (except where it's been mutated), affect particular traits.  Typically, traits of interest are found by mapping studies to be affected by tens, hundreds, or even thousands of 'genes' (including transcribed RNAs, regulatory regions etc.).  Each individual inherits one diploid genotype, unique to every person, and then around this is a largely randomly generated distribution of mutant cells.  When hundreds of genes contribute, it just makes no sense to think that what you inherit is what you are.

It should also be noted that we have no real way even to identify the 'constitutive' genome of an organism like a person.  We must use some tissue sample, like blood or a cheek swab.  But those will contain somatic mutations that arose subsequent to conception.  We basically don't look for them and indeed each cell in the sample will be different.  Sequencing will generally identify the common nucleotide(s) at each site, and that generally will be the inherited one(s), but that doesn't adequately characterize the variation among the cells; indeed, I think it largely ignores it as technical error.

The roles and relevance of somatic mutation might be studiable in comparing large-bodied, long-lived species with small ones in which not many cell divisions occur. They might be predicted to be more accurately described by constitutive (inherited) genomes, than larger species.  Likewise plants with diverse 'germ lines', such as the countless meristems in trees that generate seeds, compared to simpler plants, might be illuminating.

How to understand and deal with these realities, is not easy to suggest.  But it is easy to say that for every plausible reason somatic mutation must have substantial effects on traits good, bad, and otherwise.  And that means that we have been wrong to consider the individual to be a fundamental unit of life.

An(kara) kapkara

 ''Bir yerlerde katledilmezsek , muhtemelen kahrımızından öleceğiz''

 Elim varmıyor  yazmaya  o bir yerlerde ,  canı için ağlarken ,  Yiyemediği yemeği , sevemediği yüreği  ,öpemediği anneyi düşününce nasıl olur diyor insan, küçük  bir çocuğunda ağır yaralı olduğunu  öğrendim, doktoru yaptığı basın açıklamasında bir gözünde  görme kaybı olduğunu söyledi Ankara onun için artık An(kara) .
Onlar birilerinin kızı , oğlu , kardeşi,komşusu , akrabası.

 Çok üzgünüm. Haberleri , o güzel insanların hayat hikayelerini gördükçe içim dağlandı ya ! annesi , babası  ne durumdadır. Sabırlar diliyorum.  Bizim bir kaç hafta sonra  aklımıza arada bir gelecek ama  onların içi hep yanacak 28i Ankara olmak üzere toplam  bu günkü şehidimiz 36 Bu gece  Cuma gecesi  dualarımızda unutmayalım.

Somatic mutation and neurological traits. Part III. Behavioral implications

I've been discussing a new paper in Cell that describes a detailed study of mouse embryonic neural cell culture that finds evidence for widespread mutations of a particular sort, occurring across the genome.  The detected effects often involve genes that are involved in the function of synapses, the connections between neurons that are fundamental to the way the brain works.  I am interested in the possibility that these changes may be contributors to epilepsy.  But these are in the same genes in which inherited mutations could have potentially relevant effects on intelligence, behavior, or personality.

In epilepsy as in other psychiatric, behavioral, and neurological traits, the total etiology of any given instance is likely to involve many genetic variants with mainly minor individual effects (that is clearly what mapping has consistently shown),  The somatic mutation would be contributors to the mix.

The relevance of the paper to neurological and psychiatric diseases in general, is obvious.  If the genetically driven behavior of enough neurons goes awry, the person as a whole may manifest the result in the form of important impaired function, or even serious disease that threatens not just aspects of lifestyle but viability as well.  Another way to put it is to say that these somatic mutations may contribute to our individuality as people.  I have suggested in the two previous parts of this series that epilepsies, not mentioned by the Cell authors, may be added to their list.

But things could have much more profound impact than on occasional dysfunctional traits.  Neural somatic mutation of the sort reported in cell culture might also have important effects on a much broader array of normal mental traits.  Indeed, that is far more likely than that somatic mutation only affects abnormal traits.  And the broader range of non-pathological effects, which I think likely, has potentially deep societal implications.

Beyond psychological disorders
Personality and what we call 'intelligence', typically as measured by IQ tests, are important to our social fabric. Personality affects the way one interacts with others and fits within the constraints of society, and can have serious implications for the quality of life.  Indeed, personality traits, including but not limited to intelligence, are used by society to sort out access to resources--wealth, power, influence, health, safety, and even basic rights.  Those with impaired mental function are, for example, more likely to be homeless or perhaps in some instances to commit violent acts or to act sociopathically.  Of course, we should not just think in terms of the stereotypical social bad guys:  it is not usually recognized, but some who have wealth and power and are nominally considered successful could in every sense be called sociopaths, as well.

Beyond this, and even more sensitive, is the issue of group characteristics, especially those putatively attributed to 'race' or ethnicity.  There has been discussion going back at least to Plato, and including Darwin and his followers up to the present day, about how the 'better' (privileged upper) classes were the ones who are the important leaders, but whose valuable patrimony (that is, genes) are transmitted less often than those of their lesser compatriots. Whole classes of people might be superior or inferior because of genetic variants found disproportionately in one class and not in others.

To be blunt: the professoriate and other privileged classes, who often invoke class-based genetic value inherency as if they are the Darwinian favorites, don't like to acknowledge the fact that the slovenly masses out-reproduce the well-groomed elite.  The elite naturally find this threatening and unpleasant, and even concoct evolutionary arguments why this is a problem that needs curing (e.g., to  keep our species from going downhill).  That's weird, since by any reasonable Darwinian criterion the masses are the evolutionarily successful ones, as I've recently written (a copy available from me on request)--but we'll set that truth aside for the moment.

Anyway, the relevance to this series of posts on neural somatic mutation is direct. That's because the issues just discussed are often if not typically couched in terms of the inherent worth of the worthies relative to their inferiors, and that in our time, routinely attributes the difference to genes.  Not only are there issues about individuals and whether specific genes confer behavioral traits (like how you vote, how you respond to abuse, sociopathic behavior, and of course intelligence), but these traits are often, and persistently, applied to groups--in the US this means 'races'.  Members of this race are often said to be smarter than members of that race because of their better genes.  This is, of course, nothing new.

There has been more than a century of heated debate about whether traits of individuals are inherited, inborn, and therefore largely unchangeable, or whether they are the result of circumstances of each person's life and can be molded by environments and experience.  This is now often called the 'Nature-Nurture' debate, but it goes back in history (some biblical tribes were supposedly cursed, and hence made inferior, by God for their sins, for example).  Scientific rather than blatantly political views on the subject can be traced, for example, to Linnaeus and his time's ranking of human races.

Moving toward an attempt to make differences and evolution scientific, Lamarck suggested around 1800 that traits were modified by individuals' habitual behaviors, the result then being inherited in their offspring. Darwin's ideas about natural selection changed the putative mechanism a bit, but not the idea of adaptive change, meaning improvement.  Racial hierarchies were a part of the assertions, and often still are.  Then and since, major political movements across the political spectrum, each bolstered by some form of 'theory', including both eugenics and Marxism, have largely rested on opposing arguments within this purportedly scientific context.

Today, there are scientists and other authors who passionately deny the existence of race and who argue that most of societally relevant behavioral traits are the result of circumstances, while others argue that, no, we are what we inherit. The latter point to the clear evidence of 'heritability' of behavioral traits, especially including but by far not limited to, intelligence.  Parent-offspring or sib-sib correlations, for example, suggest that up to, say, 50% of variation in these traits can be accounted for by genetic variation.  This is then extended to assertions of inherent traits of groups, such as traditional 'races', attributing societal success to inherent worth.  This in turn is used, for example, to justify differential resource allocations, such as of educational funds.  Many scientists, even prominent ones who actually know some genetics, as well as passionate racists and other hyper-determinists, take this position.

Meanwhile, others point with equal passion to shared household environments and rigid social structures, and argue that if those in the poor, lower-achieving parts of society had as many books, ballet lessons, and resources, Kaplan test-prepping courses, and learned as many different words as those in more privileged parts of society, and inherited as much from their parents, they'd end up just as successful.  They argue that genetic Darwinism is being abused to justify societal inequality.

But what does neural somatic mutation have to do with any of this?

Somatic mutation and you are what has happened
For the purposes of argument, let's assume that genetic variants do provide important aspects of one's personality, abilities, and psychological health.  There is plenty of evidence from known genes in which variants (alleles) can essentially cause at least some severe psychological problems, so why not more generally?  Persons inheriting harmful variants in those genes are, truly, impaired.  If they reproduce, their children would have the usual Mendelian odds of inheriting the same effects. This doesn't by any means justify depriving the victims of resources and, indeed, a more benign societal view would be that they should be provided more resources so they can reach their potential. However, that is a purely societal question, unrelated to the fact of causation.  The genetic determinist view would ask: How can the same sort of genetic effects not apply also for traits within the normal range?

Those who counter with environmental accounts of personality and the like argue that you are what has happened in your life, from gestation onward, and that is malleable but not heritable in your children.  Scars from early childhood may doom someone's lifetime success, but while unfortunate or even tragic, they're not biologically inherited (unless they are in utero environmental effects, but even those can be 'erased' with better environments because they're not etched into the DNA).   If society will but apply them, environmental improvements will lead to performance improvements: our brains are not hard-wired for specific functions but are hard-wired as learning devices.  We are what we learn: that is the whole 'point' of the evolution of intelligence!

Somatic mutation falls in between these two views.  In a sense, though not due to any specific environmental exposure or experience, the effect of somatic mutations is to make you be what has happened during the genesis of your neural system.  Somatic mutations could affect what one can achieve, just as rabid genetic determinists argue.  Of course, it isn't just impairments that might be involved, because exceptionally positive effects are likely, but we have far less genetic information on that than on disease or impaired function. In any case, performance abilities due to somatic mutation would not be heritable, just as the angry environmentalists insist.

In fact, and I think the Cell authors mentioned something like this, one can envision reasons why high mutability could generate high mental flexibility and adaptability, much as the immune system generates high antibody diversity to be able to respond to unforeseeable pathogens.  Non-heritable, environmentally non-specific neural variation could be a generic adaptation akin to immunity.

Somatic mutations are not inherited, so those relentlessly searching genomewide mapping data, or those searching socioeconomic data, will similarly fail to account for the apparently built-in, yet non-heritable mental and neurological traits of individuals.  In a sense, both groups are right.  This, however, says nothing whatever about the divided views on what society should do about our individual differences,

The Cell paper is just one paper and though it cites other relevant literature, its importance for me is that it shows the potential value of thinking about somatic mutation in the neurological context. As I finished writing this post, my copy of the January Nature Reviews Genetics arrived.  An article by Vissers et al. describes genomewide mapping results for 'intellectual disability and related disorders. One figure shows that, if you believe the strength and credibility of the evidence, around 700 'genes' (whatever that means--e.g.., whether just genome regions or only protein-coding regions) associated with these traits.  The identification pattern doesn't suggest that most genes have as yet been identified.  And this is only about disorders.

With this huge range of potentially functional targets, it is simply not credible to doubt that somatic mutation is a major contributing factor to psychological variation, normal and otherwise.  Even more convincing is the finding that these genes 'overlap' in functional effects, that is, are individually associated with more than one disorder.  Here we needn't even get into issues about diagnosis and definition.  That's because, at the very least, somatic mutation in the 700+ genes makes a hearty target, and this is undoubtedly just a fraction of the real target (because mapping really only accounts for a fraction of the occurrence of the traits, as we've posted on many times before),

It will be some time before technologies allow neural somatic mutations to be detected in any way relevant to predicting psychological traits in living individuals, much less intervening in any way.  At most, techniques for somehow identifying somatic mutations in living individuals may be developed so we can at least assess how and how much this source of otherwise cryptic causation affects who we are as individuals.

Somatic mutation and neurological traits. Part II. Relevant Somatic Mutation discovered?

The first installment of this brief series discussed some possible manifestations of somatic mutation in helping to account for the biology and epidemiology of epilepsies.  From a cellular point of view, epilepsies seem to be functionally close to gene action, but mostly have eluded gene mapping in families, GWAS, or mouse models.  Yesterday, I referred to a paper that I published in 2005 which mused about the possibility that some epilepsies and other behavioral traits might be due to genetic effects that arose through somatic mutation rather than being inherited in the parents' germline, and I tried to suggest reasons why that idea seems plausible  But finding direct evidence for relevant somatic mutation in relevant neural (brain) tissue, just a subset of cells, would have been technically very challenging.  That was then, however, and technology marches on.

A new paper by Wei et al. in the February 2016 issue of Cell ("Long Neural Genes Harbor Recurrent DNA Break Clusters in Neural Stem/Progenitor Cells") may suggest that we're getting to a point where it might be possible to address my speculation directly--and perhaps go far beyond that to understand epilepsies much better but, even more, to address variation in normal behavior and abnormal psychological function in general.

Wei et  al. report using a clever, sophisticated, if very technical method to make a systematic search for a class of somatic mutations in neural cells.  The experiments are done in mouse cell culture and, basically, Wei et al looked genomewide for chromosomal changes or rearrangements that arise out of double-strand chromosomal breaks.  The detail is far beyond what I could competently describe here, and would be out of place in a blog.  However, the upshot of their work is that the authors expanded on what had been known, that there are very large mutational rearrangements detectable in repeatable locations in the genomes of early neural precursor cells.

As shown in the figure below, the rearranged locations are found genomewide, and on most chromosomes. The changes varied among cells tested.  I am not qualified either to defend or critique the method itself, but have no reason to doubt the findings, and if anything it must be fair to assert that because the method only finds one sort of mutation, the finding implies that other methods would find expanded evidence for somatic mutation of various sorts in these cells, as are clearly known to happen in other cell types. The authors used methods that have passed muster before, they cite ample other literature on somatic rearrangements generally.  Experiments like this are artificial in various ways, and theirs doesn't prove that the mutations they detected do in fact have phenotypic effects in vivo, but the case for that is certainly and strongly plausible.

Neural and other genes undergoing SoMu in (mouse) brain. Circle numbers are chromosomes  From Wei et al., Cell, 2016

The importance of this finding, and what justifies its being published in Cell in my view, is that it shows not just tolerance of somatic mutation, but perhaps even active genomic modification in the early mouse brain. Moreover, the authors find that a major fraction if perhaps even preponderance, of the genes altered in this process, whatever other roles they may serve, are involved in neural cell adhesion and synapse formation and/or function.  One can be properly skeptical about assigning function to genes (gene ontologies are often quite shaky and genes typical serve many functions), but even if there is a sort of after-the-fact bias in interpretation, the involvement in the modified genes in synapse function seems well established.

For a partial summary of the approach, the original authors as well as a short, cogent and somewhat more digestible accompanying commentary by Weissman and Gage ("A Mechanism for Somatic Brain Mosaicism"), explain the potential this may have for the determination of individuality. This is speculation in detail, naturally, but the proto-neurons develop into relevant areas of the adult brain, and the authors note that the affected cells are, or reasonably may be, involved in a variety of higher functions.  They mention learning and mental functions such as autism, bipolar depressive disorders, schizophrenia, and intellectual disability.  They also speculate that the somatic changes could be relevant to various forms of cancers of brain cells.  And, perhaps an artifact of the way science is done these days, I saw no mention of the obvious likely fact, that if these changes can be involved in disease they can also be involved in any other psychological traits.

The authors also did not mention epilepsies, nor whether genes known or suspected of being involved in some epilepsies were detected in any of these rearranged regions. I'm not any sort of expert on that, but on a very cursory check, I did not spot any specific known epilepsy related genes in the above figure, but one can hardly take that as in any way definitive. Since epilepsy is itself relatively rare, only rare somatic mutational changes need be involved, for epilepsy to be an occasional consequence and to help account for the variation in the types and parts of the brain affected, the seriousness, age of onset, and so on.  We'll see.

Phenotype amplification
In the previous post, I referred to to means of phenotypic amplification, a process by which mutations in a single or small subset of cells could reach organismal (whole-person) detectability or effect.  One means would be if a somatic mutation happens early enough in development for a large enough set of descendant cells to be affected, almost as if the mutation were inherited in the germ line.  Given the n numbers of at-risk embryonic cells and the number of people produced each year, and the surely large number of genes that could have an effect on epilepsy (or any other psychological trait), this simply must occur!  Depending on when in development the somatic mutation occurred, its descendant set could be general and bilateral, or could be restricted to a small part of the brain on just one side, depending on the way these tissues differentiate during development.  That is, the types of epilepsy that are focal, affecting only a restricted, identifiable part of the brain, might be susceptible to genomic analysis to identify the mutations (illustrated in the figure in yesterday's post).  That is, the rest of the person's neural cells would not be mutated.

The other method of phenotype amplification I mentioned yesterday could occur when one or just a few mutant, misfiring neurons misfires, and that then induces a cascade of firing in the many other neurons to which it synapses.  This kind of phenotype amplification might not be easily detectable, because the single or few mutant culpable neurons might be invisible in sequences of the entire affected brain region, because most of the misfiring cells would, themselves, be genetically normal. That is, their misbehavior would be induced by the abnormal neuron(s) to which they were synapsed.

The variable and usually highly restricted, focal nature of epilepsies (i.e., suggested in yesterday's figure) cries out for explanation that involves the unique features of these small areas.  The methods in the Cell paper are very complex, technical, and certainly nothing I ever did in my lab, so I must acknowledge that my thoughts could be off the speculative mark.  Still, the paper and others it cites show that the ideas have more than totally circumstantial support.  There are lots of mutations in neural cells, as indeed, there are in any set of somatic cells.  They affect the individual in which they occur but are not transmitted in the germ line and hence not discoverable by GWAS and family studies.

No matter what one may think of the idea, a point worth making is that there is now at least one major study systematically documenting the pervasive frequency of somatic mutation of particular types (rearrangements),  that is active, common, and genomewide in developing neural precursor cells (and the authors cite other relevant results).  How or even whether a role of somatic mutation in epilepsy can be shown in real mice, much less humans, and not just cell culture or sequencing of the brains of deceased patients, is of course an open question.

However, unlike 2005 when I wrote my speculations, high throughput and even single-cell sequencing are now at least beginning to be practicable in mouse models and deceased humans who had epilepsies of known focality and expression.  If the ideas are cogent, investigators may find them compelling subjects to study.

Searching for somatic mutational causes of traits that seem to have specific tissue locations, seems now at least more possible, inroads might be possible and could, in principle at least, lead to substantial advances in understanding the mechanisms involved, as well as the epidemiology and phenotypes of epilepsy.